臭氧的灭菌机制和灭菌特性：臭氧分解生成氧和新生态氧。此种新生态氧作用于细菌和病毒等的细胞壁和细胞膜，反应在脂质（类脂化事合物）的双键。在进行这一作用时，细胞膜被破坏，而且SH酵素被破坏，从而达到灭菌的效果。对于芽孢杆（Bacillus)菌细菌孢子，用浓度0.3-0.5mg/l的臭氧灭菌剂即可达到灭菌效果。乳酸菌对臭氧的抵抗力很弱。据报告，初始菌数2.3-5.6×10⁹/ml,经臭氧处理30秒种，细菌大多数死去。

臭氧的杀菌效果，因微生物种类的不同而有很大差异，这是由于的细胞壁或细胞膜的差异迁成的。

用臭氧处理芽杆菌属的细菌孢子和酵母，需要较长时间，但是，若增加臭氧浓度可使反应时间适当的缩短。在实际使用过程中，可根据菌种确定臭氧的浓度和选定接触反应时间。

按饮用水标准进行的臭氧灭菌法，接触反应时间性为5-8分种，臭氧发生器出口处的臭氧浓度为0.4mg/l以上（注入率为2-3mg/l），大多数实例以上述条件为运行管理目标。如果在同样的系统内，将臭氧的注入率增加至5mg/l，根据实验结果，经过此种处理的水，一般来说，细菌是不能存活的。